上水集团党组织诞生于1977年企业创办之初，现为党委建制。

公司党委下设4个基层党支部，分别为中国共产党上海市水利工程集团有限公司职能部室支部委员会（统一管理在公司职能部室工作的所有党员，设支部书记1名，委员4名）、中国共产党上海市水利工程集团有限公司第一项目支部委员会（统一管理上海市内各区域项目的所有党员，设支部书记1名，委员4名）、中国共产党上海市水利工程集团有限公司第二项目支部委员会（统一管理上海市外区域项目的所有党员，设支部书记1名，委员2名）、中国共产党中化学交建（上海）工程有限公司支部委员会（设支部书记1名）。